Les opérations de reversement mentionnés aux articles R. 213-48-35 et R. 213-48-36 peuvent suivre des modalités fixées par des conventions conformes à des conventions types approuvées par le conseil d'administration de l'agence. Ces conventions peuvent également prévoir selon une périodicité qu'elles définissent le versement d'acomptes en application de l'article L. 213-11-12.

Lorsqu'en application de l'article L. 213-11-15L. 213-11-15-1 une agence de l'eau a été désignée pour l'établissement du titre de recette et le recouvrement de la redevance pour protection du milieu aquatique, les conventions relatives au reversement du produit de cette redevance sont conclues avec cette agence de l'eau conformément au modèle de convention type adopté par le conseil d'administration de cet établissement public.

Les conventions en cours à la date de la désignation de l'agence de l'eau se poursuivent jusqu'à leur terme mais les opérations de reversement non encore réalisées à cette date sont effectuées auprès du comptable de l'agence de l'eau désignée qui se substitue au comptable précédent. Le comptable précédent transmet sans délai la convention en cours au comptable de l'agence de l'eau désignée auprès duquel le reversement doit être effectué.