La mission interministérielle de l'eau assiste le ministre chargé de l'environnement dans son action de coordination des différents ministères intervenant dans le domaine de l'eau.
Présidée par le directeur de l'eau, elle réunit périodiquement des représentants des ministères chargés de l'agriculture, de l'environnement, de l'équipement, de l'intérieur, de l'industrie, de la mer, de la santé, des transports et de l'urbanisme ainsi que ceux d'autres ministères intéressés par les questions inscrites à l'ordre du jour et, en tant que de besoin, des représentants d'établissements publics de l'Etat.
Les avis sont rendus quel que soit le nombre des membres présents.
La mission donne son avis sur tous les projets de lois, décrets et arrêtés réglementaires portant en tout ou partie sur des questions relatives à l'eau, élaborés par les différents ministères.
La mission examine également les projets de textes relatifs à l'organisation des services déconcentrés de chaque ministère dans le domaine de l'eau ainsi que les projets d'instruction du ministre chargé de l'environnement relatifs à la coordination dans ce domaine.
La mission donne son avis sur les programmes d'investissement et la répartition des ressources et des moyens, en particulier celle des crédits affectés à l'eau, à inscrire au budget des divers départements ministériels ou organismes intéressés.
La mission interministérielle de l'eau peut, en outre, être appelée à donner son avis sur toute question ou document intéressant l'eau, à caractère national, communautaire ou international, que lui soumettra le ministre chargé de l'environnement.
La direction de l'eau assure le secrétariat de la mission interministérielle de l'eau.