Le préfet coordonnateur de bassin élabore, avec le concours des préfets de département, à partir des résultats obtenus par le programme de surveillance de la teneur des eaux en nitrates d'origine agricole et de toute autre donnée disponible, un projet de délimitation des zones vulnérables en concertation avec les organisations professionnelles agricoles, des représentants des usagers de l'eau, des communes et de leurs groupements, des personnes publiques ou privées qui concourent à la distribution de l'eau, des associations agréées de protection de l'environnement intervenant en matière d'eau et des associations de consommateurs.

Le préfet coordonnateur de bassin transmet le projet de délimitation des zones vulnérables aux préfets intéressés qui consultent les conseils généraux et les conseils régionaux et, en Corse, la collectivité territoriale, ainsi que les conseils départementaux de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques et les chambres d'agriculture.

Le préfet coordonnateur de bassin arrête la délimitation des zones vulnérables après avis du comité de bassin.

Les avis sont réputés favorables s'ils n'interviennent pas dans un délai de deux mois à compter de la transmission de la demande d'avis.

L'inventaire des zones vulnérables est rendu public. Pour l'élaboration des schémas d'aménagement et de gestion des eaux, l'inventaire des zones vulnérables fait partie des documents à communiquer au président de la commission locale de l'eau en application de l'article R. 212-36. L'inventaire des zones vulnérables est annexé au schéma d'aménagement et de gestion des eaux lorsqu'il existe.

L'inventaire des zones vulnérables est modifié selon la même procédure que celle prévue pour son adoption. Cet inventaire fait l'objet d'un réexamen au moins tous les quatre ans.