Le président du comité national est nommé pour une durée de trois ans, renouvelable une fois, par arrêté conjoint du ministre chargé de l'environnement et du ministre chargé de l'urbanisme, parmi les membres du collège mentionné au 1° de l'article D. 371-3. Il est assisté par deux vice-présidents nommés dans les mêmes conditions, parmi les membres du collège défini au 3° et du collège défini au 4° du même article. Les vice-présidents assurent la présidence du comité en cas d'absence ou d'empêchement du président.

Les fonctions de président ou de membre du comité national sont exercées à titre gratuit. Toutefois, peuvent être remboursés les frais de transport engagés à l'occasion des déplacements pour la participation aux réunions du comité. La prise en charge des frais de transport est assurée dans les conditions définies par le décret n° 2006-781 du 3 juillet 2006 modifié fixant les conditions et les modalités de règlement des frais occasionnés par les déplacements temporaires des personnels civils de l'Etat.