L'office est administré par un conseil d'administration comprenant deux parlementaires, désignés l'un par l'Assemblée nationale et l'autre par le Sénat, un représentant de la France au Parlement européen désigné par décret, des représentants de l'Etat et un représentant du personnel de l'office.

Le conseil d'administration fixe les orientations générales concernant l'activité de l'office ainsi que, dans les conditions prévues par les dispositions communautaires en cette matière, la liste des pays considérés au niveau national comme des pays d'origine sûrs, mentionnés au 2° de l'article L. 741-4. Il délibère sur les modalités de mise en oeuvre des dispositions relatives à l'octroi du statut de réfugié ou de la protection subsidiaire.

Le président du conseil d'administration est nommé parmi ses membres par décret sur proposition du ministre chargé de l'asile.

Le délégué du haut-commissaire des Nations unies pour les réfugiés ainsi que trois personnalités qualifiées nommées par décret assistent aux séances du conseil d'administration et peuvent y présenter leurs observations et leurs propositions. Au moins l'une des trois personnalités qualifiées susmentionnées représente les organismes participant à l'accueil et à la prise en charge des demandeurs d'asile et des réfugiés.