L'agent comptable est nommé par arrêté du ministre chargé de l'éducation et du ministre chargé du budget.

Conformément au décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat, le Centre national de documentation pédagogique est soumis au contrôle financier dans les conditions prévues par le décret n° 2005-54 du 27 janvier 2005 relatif au contrôle financier au sein des administrations de l'Etat.

Un membre du corps du contrôle général économique et financier, placé sous l'autorité du ministre chargé du budget, assure le contrôle financier de l'établissement. Ses attributions sont définies par arrêté du ministre chargé du budget et du ministre chargé de l'éducation.

Les ressources du Centre national de documentation pédagogique comprennent notamment :

1° Les subventions et fonds de concours ;

2° Les droits, redevances et produits de toute nature résultant de ses activités ;

3° Les revenus des biens meubles et immeubles de l'établissement ;

4° Les contributions privées, les dons et legs ;

5° Les emprunts ;

6° D'une manière générale, toutes les recettes autorisées par les lois et règlements.

Les dépenses du Centre national de documentation pédagogique comprennent les frais de personnel, de fonctionnement et d'équipement et, d'une manière générale, toutes les dépenses nécessaires aux activités de l'établissement.

Le Centre national de documentation pédagogique met en place une comptabilité analytique qui distingue les activités commerciales des autres activités.

Les décisions de modification du budget qui ne comportent ni augmentation du montant total des dépenses, ni accroissement des effectifs, ni diminution du montant total des recettes, ni virement de crédits entre la section de fonctionnement et la section des opérations en capital ou entre les chapitres des dépenses de personnel et les chapitres des dépenses de matériel, sont prises par le directeur général, sous réserve de l'accord du membre du corps du contrôle général économique et financier. Elles sont soumises à ratification par le conseil d'administration lors de sa plus prochaine séance.

Des régies de recettes et des régies d'avances peuvent être instituées par le directeur général du Centre national de documentation pédagogique dans les conditions prévues par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 relatif aux régies de recettes et régies d'avances des organismes publics.

Des secteurs d'activité de l'établissement peuvent être gérés sous la forme de services à comptabilité distincte ou de services particuliers disposant d'un budget annexe, sur proposition du conseil d'administration et après avis du ministre chargé du budget.