Chaque établissement est administré par un chef d'établissement nommé par arrêté du ministre de la défense, sur proposition du ministre chargé de l'éducation. Le chef d'établissement a autorité sur les personnels en fonction dans l'établissement. Il fixe leur service.

Dans chaque établissement siège un conseil d'établissement. Le chef d'établissement le saisit pour avis du projet de budget et du compte financier de l'établissement ainsi que des questions de fonctionnement et d'organisation pédagogique de l'établissement. Le conseil d'établissement est également consulté sur la fixation des tarifs du service annexe d'hébergement et sur les problèmes de prestations accessoires et de ventes de biens éventuelles.

Le conseil d'établissement comprend : 1° Dans les établissements accueillant plus de 500 élèves : a) Le chef d'établissement, président ; b) L'adjoint au chef d'établissement ; c) L'agent chargé d'assister le chef d'établissement dans la gestion matérielle et financière de l'établissement ; d) Le conseiller principal d'éducation le plus ancien ; e) Deux représentants des forces armées françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne, désignés par le général commandant ces forces ; f) Deux personnalités qualifiées désignées par le commandant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne ; g) Huit représentants élus des personnels de l'établissement, dont six au titre des personnels d'enseignement, d'éducation et de surveillance et deux au titre des personnels administratifs, sociaux et de santé, techniques, ouvriers et de service ; h) Quatre représentants élus des parents d'élèves et quatre représentants élus des élèves. 2° Dans les établissements accueillant moins de 500 élèves : a) Le chef d'établissement, président ; b) L'agent chargé d'assister le chef d'établissement dans la gestion matérielle et financière de l'établissement ou l'agent comptable de l'établissement siège de l'agence comptable ; c) Le conseiller principal d'éducation, si l'établissement en est doté ; d) Un représentant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne, désigné par le commandant de ces forces ; e) Une personnalité qualifiée désignée par le commandant des forces françaises et de l'élément civil et stationnés en Allemagne dans les établissements non dotés de conseiller principal d'éducation ; f) Quatre représentants élus des personnels de l'établissement, dont trois au titre des personnels d'enseignement, d'éducation et de surveillance et un au titre des personnels administratifs, sociaux et de santé, techniques, ouvriers et de service ; g) Deux représentants élus des parents d'élèves et deux représentants élus des élèves.

L'élection des représentants des personnels, des élèves et des parents d'élèves au conseil d'établissement se déroule dans les conditions prévues aux articles D. 422-22, D. 422-23, D. 422-25, D. 422-26, D. 422-29 et D. 422-30.

Le conseil d'établissement se réunit en séance ordinaire à l'initiative du chef d'établissement au moins une fois par trimestre scolaire. Il est, en outre, réuni en séance extraordinaire à la demande du commandant des forces françaises et de l'élément civil stationnés en Allemagne ou du chef d'établissement ou de la moitié au moins de ses membres, sur un ordre du jour précis. Le chef d'établissement fixe les dates et heures des séances ainsi que l'ordre du jour. Il envoie les convocations, accompagnées de l'ordre du jour et des documents préparatoires, au moins dix jours à l'avance, ce délai pouvant être réduit en cas d'urgence à un jour. Le conseil d'établissement ne peut siéger valablement que si le nombre des membres présents est égal à la majorité de ses membres. Si ce quorum n'est pas atteint, le conseil d'établissement est convoqué en vue d'une nouvelle réunion, qui doit se tenir dans un délai minimum de huit jours et maximum de quinze jours ; il siège alors valablement, quel que soit le nombre des membres présents. En cas d'urgence, ce délai peut être réduit à trois jours.