Le conseil d'administration du Centre d'études et de recherches sur les qualifications arrête son règlement intérieur. Il délibère sur le budget et le compte financier du centre, sur le programme annuel d'activité, sur le rapport annuel d'activité, sur les mesures générales relatives à l'organisation et au fonctionnement du centre et sur la politique d'action sociale.
Il donne son avis sur toutes les questions qui lui sont soumises par les membres intéressés.
Les avis du conseil scientifique ainsi que les évaluations des travaux scientifiques du centre lui sont communiqués ; il peut solliciter lui-même tous avis et évaluations.
Le conseil d'administration désigne en son sein une délégation permanente chargée de préparer ses travaux en liaison avec le directeur. Cette délégation, dont la composition et le fonctionnement sont fixés par le règlement intérieur, comprend notamment deux représentants du personnel.