Le contrat pluriannuel d'établissement conclu par l'université avec l'Etat prévoit, pour chacune des années du contrat et sous réserve des crédits inscrits en loi de finances, le montant global de la dotation de l'Etat en distinguant les montants affectés à la masse salariale, les autres crédits de fonctionnement et les crédits d'investissement.

Les montants affectés à la masse salariale au sein de la dotation annuelle de l'Etat sont limitatifs et assortis du plafond des emplois que l'établissement est autorisé à rémunérer. Le contrat pluriannuel d'établissement fixe le pourcentage maximum de cette masse salariale que l'établissement peut consacrer au recrutement des agents contractuels mentionnés à l'article L. 954-3.

L'établissement assure l'information régulière du ministre chargé de l'enseignement supérieur et se dote d'instruments d'audit interne et de pilotage financier et patrimonial selon des modalités précisées par décret.

Les comptes de l'université font l'objet d'une certification annuelle par un commissaire aux comptes.