Conformément au décret n° 2005-757 du 4 juillet 2005 relatif au contrôle financier au sein des établissements publics administratifs de l'Etat, l'Agence pour l'enseignement français à l'étranger est soumise au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret n° 2005-54 du 27 janvier 2005 relatif au contrôle financier au sein des administrations de l'Etat. Les modalités de ce contrôle sont fixées par arrêté du ministre chargé du budget et du ministre des affaires étrangères.