Les agences d'insertion sont soumises au régime administratif, financier et budgétaire prévu par les articles L. 1612-1 à L. 1612-20 et L. 3131-1 à L. 3132-4 du code général des collectivités territoriales.

La comptabilité de chaque agence d'insertion est tenue par un agent comptable nommé par arrêté du ministre chargé du budget.

Les dispositions des articles L. 1617-2, L. 1617-3 et L. 1617-5 du code général des collectivités territoriales sont applicables aux agences d'insertion. Ces dernières sont, en outre, soumises à la première partie du livre II du code des juridictions financières.