Les fonctions de l'instruction sont exercées par des magistrats mobilisés en qualité d'assimilés spéciaux du service de la justice militaire. Leur affectation est prononcée par le ministre de la défense.

Le service du parquet, de l'instruction et du greffe du tribunal territorial des forces armées est assuré par des magistrats, des officiers greffiers, des sous-officiers commis-greffiers et des sous-officiers huissiers-appariteurs, qui doivent être de nationalité française et âgés de vingt-cinq ans accomplis.

Dans le présent chapitre et les textes pris pour son application, le mot " magistrats " désigne les magistrats du corps judiciaire détachés auprès du ministre de la défense dans les conditions prévues par la loi n° 66-1037 du 29 décembre 1966 relative à l'exercice des fonctions judiciaires militaires.

L'affectation des magistrats du parquet ainsi que celle des personnels chargés du service du tribunal aux armées est réservée au ministre de la défense.

Il peut être affecté un ou plusieurs magistrats pour assurer soit le service du parquet, soit le service de l'instruction, ainsi qu'un ou plusieurs officiers greffiers adjoints et un ou plusieurs commis-greffiers.

Le commissaire du Gouvernement près le tribunal territorial des forces armées assure auprès du tribunal aux armées, par lui-même ou par ses substituts, les fonctions du ministère public.

En qualité de chef de parquet, le commissaire du Gouvernement près le tribunal territorial des forces armées est chargé de l'administration et de la discipline.

Le juge d'instruction procède à l'instruction préparatoire.

Un magistrat ne peut, à peine de nullité, remplir les fonctions de commissaire du Gouvernement près le tribunal territorial des forces armées ou participer au jugement dans les affaires qu'il a instruites.

Les officiers greffiers, les sous-officiers commis-greffiers assistent le juge d'instruction et tiennent la plume aux audiences.

Des militaires non officiers, de nationalité française et majeurs, peuvent être détachés des forces ou des services pour exercer, à titre d'auxiliaires, les fonctions de commis-greffiers ou d'huissiers-appariteurs.

Nul ne peut, à peine de nullité, siéger comme président ou juge ou remplir les fonctions de juge d'instruction dans une affaire soumise à un tribunal territorial des forces armées :

1° S'il est parent ou allié du prévenu jusqu'au degré de cousin issu de germain inclusivement ;

2° S'il a porté plainte ou mis en mouvement l'action publique ou a été entendu comme témoin ou en ce qui concerne seulement les présidents et juges, s'il a participé officiellement à l'enquête ;

3° Si, dans les cinq ans qui ont précédé le jugement, il a été engagé dans un procès contre le prévenu ;

4° S'il a précédemment connu de l'affaire comme administrateur ou comme président ou juge de la chambre de l'instruction ;

5° S'il est conjoint ou concubin du prévenu ou lié avec ce dernier par un pacte civil de solidarité.

Les parents et alliés, jusqu'au degré d'oncle et de neveu inclusivement, ne peuvent, à peine de nullité, être membres d'un même tribunal territorial des forces armées.

Tout président ou juge qui estime se trouver dans l'un des cas prévus à l'article L. 111-15 est tenu de le déclarer à la juridiction dans laquelle il est appelé à siéger ; celle-ci décide par décision motivée s'il relève de l'un des cas précités et s'il doit en conséquence s'abstenir.

Dans la même situation, le juge d'instruction est tenu de saisir le président de la chambre de l'instruction ; cette juridiction décide s'il doit s'abstenir. Dans ce cas, l'affaire est renvoyée au commissaire du Gouvernement près le tribunal territorial des forces armées.

Les officiers et sous-officiers greffiers et les sous-officiers huissiers-appariteurs, lors de leur nomination dans le corps et avant d'entrer en fonctions, prêtent serment, à la première audience du tribunal territorial des forces armées auquel ils sont affectés dans des conditions fixées par décret.

Les fonctions du ministère public et du greffe du Haut Tribunal des forces armées sont exercées par le ministère public et le greffe du tribunal territorial des forces armées dans le ressort duquel le haut tribunal a son siège.

En outre, des officiers et des sous-officiers greffiers des réserves mobilisés ainsi que des assimilés spéciaux du service de la justice militaire dont le statut est fixé par décret peuvent être appelés à compléter les personnels de ces tribunaux.

Au début de la première audience du tribunal où ils sont appelés à siéger, les juges militaires prêtent, sur l'invitation du président, le serment prévu par la loi organique relative au statut de la magistrature.

Devant les tribunaux territoriaux des forces armées, la défense est assurée par les avocats inscrits au barreau ou admis en stage, ou par un militaire que les justiciables choisissent sur une liste établie par le président du tribunal.

Sous réserve des engagements internationaux de la France, les avocats de nationalité étrangère ne peuvent concourir à la défense devant ces juridictions.