Le Conseil national est composé de commissaires aux comptes délégués par les compagnies régionales.
Les délégués sont élus dans son sein par le conseil régional, au scrutin secret, pour une durée de quatre ans, à raison d'un délégué par deux cents membres, personnes physiques ou fraction de deux cents membres, personnes physiques, sans pouvoir excéder quinze élus. Sont seules éligibles les personnes physiques à jour de leurs cotisations professionnelles, exerçant des fonctions de commissaire aux comptes à la date du scrutin.
Le Conseil national est renouvelé par moitié tous les deux ans.