Un commissaire du Gouvernement auprès du Haut Conseil du commissariat aux comptes est désigné par le garde des sceaux, ministre de la justice. Il siège avec voix consultative. En matière disciplinaire, le commissaire du Gouvernement n'assiste pas aux délibérations. Il peut, sauf en matière disciplinaire, demander une seconde délibération dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat.