Les ressources du centre comprennent notamment des subventions de l'Etat et des ressources provenant des accords qu'il conclut avec des organismes publics ou privés, nationaux, étrangers ou internationaux.

Ces subventions proviennent en particulier du budget de l'Etat en distinguant celles destinées, d'une part, au financement des missions spécifiques aux établissements publics à caractère scientifique et technologique, d'autre part, au financement des essais, des certifications et d'activités d'appui technique ou de missions supplémentaires confiées au centre par conventions particulières conformément à l'alinéa 7 de l'article R. 832-3 ci-dessus.

L'agent comptable du centre est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget. Des comptables secondaires peuvent être désignés par le directeur général aprés avis de l'agent comptable principal et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

Le centre est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret du 25 octobre 1983 susvisé.