L'agent comptable de l'établissement est nommé par arrêté conjoint du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé du budget, sur proposition du président de l'institut.

Des comptables secondaires peuvent être désignés par le président de l'institut, après avis de l'agent comptable et avec l'agrément du ministre chargé du budget.

L'institut est soumis au contrôle financier de l'Etat dans les conditions prévues par le décret n° 83-952 du 25 octobre 1983 fixant les modalités du contrôle financier des établissements publics à caractère scientifique et technologique.