Le conseil scientifique et technique est l'instance de réflexion et de proposition du centre en matière de politique scientifique et technologique.
Il donne son avis au directeur général sur les grandes orientations de la politique scientifique et technologique du centre, sur les programmes de recherche scientifique et technologique et sur les actions de valorisation, d'information et de formation. Il donne également son avis sur la création, la suppression ou la modification des départements et des divisions et sur les principes communs d'évaluation des travaux des divisions et des personnels du centre, ainsi que sur toute question qui lui est soumise par le directeur général.
Le conseil scientifique et technique comprend, d'une part, des personnalités scientifiques et techniques extérieures au centre, éventuellement étrangères, appartenant à la communauté scientifique et aux secteurs économiques et sociaux concernés, d'autre part, des représentants élus du personnel.
Il se réunit au moins deux fois par an sur convocation de son président ou à la demande écrite et motivée des deux tiers de ses membres. Le président fixe l'ordre du jour. Le mandat de ses membres est d'une durée de quatre ans, renouvelable deux fois.
Un arrêté du ministre chargé de la recherche, du ministre chargé de l'agriculture et du ministre chargé de l'environnement fixe la composition et les modalités de désignation des membres du conseil scientifique et technique et de son président.
Des commissions spécialisées peuvent être créées par le directeur général après avis du conseil scientifique et technique et accord du conseil d'administration ; elles sont chargées, dans certains secteurs d'activité du centre :
a) De proposer les orientations de la politique scientifique et technologique ;
b) De donner un avis sur la programmation des activités du centre et les actions de valorisation, d'information et de formation ;
c) De procéder à l'évaluation des programmes et des travaux menés par le centre et des résultats obtenus.
Les membres des commissions spécialisées sont nommés par le directeur général après avis du conseil scientifique et technique et accord du conseil d'administration. Ces commissions comprennent des responsables scientifiques et techniques du centre, des personnalités scientifiques et techniques de la communauté scientifique et des secteurs économiques et sociaux concernés, extérieurs à l'établissement, et des représentants élus du personnel au conseil scientifique et technique.