La certification d'entreprise, préalable à l'agrément mentionné au II de l'article L. 254-1, est obtenue à l'issue d'un audit réalisé par un organisme certificateur. Cet audit permet de vérifier le respect de référentiels qui précisent les conditions dans lesquelles l'activité pour laquelle l'agrément est sollicité doit être exercée.

Lorsque la certification d'entreprise est délivrée à une personne morale, cet audit porte également sur les établissements tels que définis au III de l'article L. 254-1.

Un arrêté du ministre chargé de l'agriculture précise les modalités d'application du présent article, notamment les référentiels nécessaires aux audits et les écarts critiques associés, conformément aux dispositions du 2° du I de l'article L. 254-2. Cet arrêté précise également les conditions dans lesquelles est réalisée la procédure d'échantillonnage, destinée à sélectionner, le cas échéant, lesquels des établissements de la personne morale font l'objet d'un audit.

Le contrat mentionné au 3° du I de l'article L. 254-2 prévoit des audits réguliers de l'entreprise et de ses établissements, dont la fréquence est fixée par arrêté du ministre chargé de l'agriculture.

Lorsque, à l'occasion de l'audit d'une entreprise certifiée, l'organisme certificateur constate un écart critique par rapport aux exigences des référentiels qui sont applicables à cette entreprise, il lui notifie un délai de mise en conformité qui ne peut excéder un mois pour apporter les mesures propres à corriger cet écart. A l'issue de ce délai, la persistance de l'écart donne lieu à la suspension de la certification par l'organisme certificateur.

L'organisme certificateur notifie au préfet de région, dans un délai maximal de quinze jours, toute suspension ou retrait de la certification délivrée à une entreprise.

L'avis favorable mentionné au II de l'article L. 254-2 est accordé par un organisme certificateur reconnu aux personnes mentionnées à ce même article sous réserve du respect d'exigences fixées par arrêté du ministre chargé de l'agriculture et prévues dans les référentiels mentionnés à l'article R. 254-3 applicables à leur activité.

Tout changement dans l'entreprise ou ses établissements susceptible de modifier les conditions au vu desquelles la certification d'entreprise a été accordée est communiqué par le détenteur de l'agrément à l'organisme certificateur dans un délai de quinze jours. L'organisme certificateur met à jour, en fonction des changements constatés, la certification délivrée à l'entreprise.