Les départements sont créés, modifiés ou supprimés par le directeur général après avis du conseil scientifique et technique et accord du conseil d'administration.

Le directeur général précise leurs modalités de fonctionnement et nomme les chefs de départements après avis du conseil scientifique et technique. La durée de leur mandat est au maximum de quatre ans, renouvelable deux fois.

Le chef de département est responsable sous l'autorité du directeur général, de l'élaboration, de l'animation et de la mise en oeuvre des programmes scientifiques et techniques de son département. Il peut proposer au directeur général toute création, modification ou suppression de divisions ou de services au sein de son département.