Les maladies réputées contagieuses pour lesquelles des plans d'urgence sont élaborés sont :
- la maladie de Newcastle ;
- l'influenza aviaire ;
- la fièvre aphteuse ;
- les pestes porcines classique et africaine ;
- la maladie vésiculeuse des suidés ;
- la peste équine ;
- la fièvre catarrhale du mouton ;
- l'anémie infectieuse du saumon ;
- la peste bovine ;
- la peste des petits ruminants ;
- la maladie hémorragique épizootique des cerfs ;
- la clavelée et la variole caprine ;
- la stomatite vésiculeuse ;
- la dermatose nodulaire contagieuse ;
- la fièvre de la vallée du Rift.