Le secrétariat de la commission des infractions est placé sous l'autorité du président. Il est dirigé par un secrétaire nommé, sur proposition du président de la commission, parmi les fonctionnaires de la direction générale des finances publiques ayant au moins le grade d'inspecteur principal.
Les moyens nécessaires au fonctionnement du secrétariat, notamment les moyens en personnel, sont mis à la disposition du président de la commission par le ministre du budget.