Le conseil territorial élit son président lors de la réunion de droit qui suit chaque renouvellement.
Pour cette élection, il est présidé par son doyen d'âge, le plus jeune membre faisant fonction de secrétaire.
Le conseil territorial ne peut dans ce cas délibérer que si les deux tiers de ses membres sont présents. Si cette condition n'est pas remplie, la réunion se tient de plein droit trois jours plus tard. La réunion peut alors avoir lieu sans condition de quorum.
Le président est élu à la majorité absolue des membres du conseil territorial pour la durée du mandat du conseil territorial. Si cette élection n'est pas acquise après les deux premiers tours de scrutin, il est procédé à un troisième tour de scrutin et l'élection a lieu à la majorité relative des membres du conseil territorial. En cas d'égalité des voix, l'élection est acquise au bénéfice de l'âge.
En cas de vacance du siège de président pour quelque cause que ce soit, les fonctions de président sont provisoirement exercées par un vice-président, dans l'ordre des nominations et, à défaut, par un conseiller territorial désigné par le conseil. Il est procédé au renouvellement du conseil exécutif, dans le délai d'un mois, selon les modalités prévues à l'article LO 6322-6, et sans que les dispositions de l'article LO 6321-22 trouvent à s'appliquer à la réunion du conseil territorial convoquée à cette fin.
Toutefois, avant ce renouvellement, il est procédé aux élections qui peuvent être nécessaires pour compléter le conseil territorial.
Si, après les élections complémentaires, de nouvelles vacances se produisent, le conseil territorial procède néanmoins à l'élection du conseil exécutif.
En cas de démission du président et de tous les vice-présidents, le conseil territorial est convoqué par le doyen d'âge, soit pour procéder à la désignation du conseiller territorial prévu au premier alinéa, soit pour procéder au renouvellement du conseil exécutif.
Les fonctions de président du conseil territorial sont incompatibles avec l'exercice de toute autre fonction publique non élective.
Les fonctions de président du conseil territorial sont également incompatibles avec celles de membre de la Commission européenne, de membre du directoire de la Banque centrale européenne ou de membre du comité monétaire de la Banque de France.
Le président du conseil territorial exerçant une fonction le plaçant dans une situation d'incompatibilité prévue par les deux alinéas précédents dispose d'un délai d'un mois pour choisir d'exercer ses fonctions de président du conseil territorial. En cas de contestation, l'incompatibilité prend effet à compter de la date à laquelle la décision juridictionnelle confirmant l'élection devient définitive.
Le conseil territorial peut mettre en cause la responsabilité de son président par le vote d'une motion de défiance.
La motion de défiance mentionne, d'une part, les motifs pour lesquels elle est présentée et, d'autre part, le nom du candidat appelé à exercer la fonction de président du conseil territorial en cas d'adoption de la motion de défiance.
Il n'est délibéré sur cette motion que lorsqu'elle est signée par le tiers des conseillers territoriaux. Le vote ne peut avoir lieu avant l'expiration d'un délai de quarante-huit heures après le dépôt de la motion. Sont seuls recensés les votes favorables à la motion, qui n'est considérée comme adoptée que lorsqu'elle a recueilli le vote de la majorité absolue des membres composant le conseil territorial.
Lorsque la motion de défiance est adoptée, le candidat au mandat de président du conseil territorial entre immédiatement en fonction.
Il est ensuite procédé au renouvellement des autres membres du conseil exécutif.