La commission constitue en son sein un bureau composé d'un représentant des conseils régionaux, d'un représentant des conseils généraux et d'un représentant des communes ainsi que d'un représentant du ministre des affaires étrangères, d'un représentant du ministre chargé de la coopération et d'un représentant du ministre de l'intérieur. Le bureau est présidé par le ministre chargé de la coopération ou son représentant. Le délégué pour l'action extérieure des collectivités locales auprès du ministre des affaires étrangères assiste aux réunions du bureau et en assure le secrétariat.

La commission arrête son règlement intérieur sur proposition du bureau. Le bureau fixe le programme de travail de la commission. Il peut constituer des groupes de travail. Il se réunit au moins deux fois par an.