Chaque syndicat est administré par un comité composé de membres élus par les conseils municipaux des communes constituant l'agglomération nouvelle. La répartition des sièges entre les communes est fixée par la décision institutive. Toutefois, chaque commune est représentée par deux délégués au moins et aucune ne peut disposer de la majorité absolue, à moins que le syndicat ne soit composé que de deux communes. La répartition tient compte notamment de la population de chacune des communes.

La décision institutive fixe également les conditions de population municipale, telle qu'elle résulte du dernier recensement général ou complémentaire, ouvrant droit pour les communes membres de l'agglomération nouvelle à l'augmentation du nombre de leurs délégués au sein du comité.

Le comité du syndicat est installé dans le délai d'un mois à compter de la création du syndicat d'agglomération nouvelle.