Les ressources du Fonds de compensation pour la taxe sur la valeur ajoutée des collectivités territoriales comprennent les dotations budgétaires ouvertes chaque année par la loi et destinées à permettre progressivement le remboursement intégral de la taxe sur la valeur ajoutée acquittée par les collectivités territoriales et leurs groupements sur leurs dépenses réelles d'investissement.

En cas d'annulation d'un marché public par le juge, les dépenses réelles d'investissement des collectivités territoriales et de leurs groupements, concernées par l'annulation, ouvrent droit au remboursement de la taxe sur la valeur ajoutée acquittée, par le Fonds de compensation pour la taxe sur la valeur ajoutée, même si ayant le caractère d'une indemnité elles sont inscrites à la section de fonctionnement d'un compte administratif.