La comptabilité du groupement est tenue et sa gestion effectuée selon les règles du droit privé à l'exception des trois hypothèses suivantes :

1° Lorsque le contrat constitutif du groupement en dispose autrement ;

2° Lorsque le groupement est constitué exclusivement par des personnes morales françaises de droit public ;

3° Lorsque le groupement est chargé du suivi et de la gestion de programmes bénéficiant de financements européens.

Dans ces trois dernières hypothèses, les dispositions du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 portant règlement de la comptabilité publique, relatives aux établissements publics dotés d'un comptable public sont applicables.

Dans ces cas, l'agent comptable du groupement est nommé par arrêté du ministre du budget.