Le directeur de l'Agence nationale pour l'amélioration des conditions de travail est nommé par arrêté du ministre chargé du travail.

Le directeur représente l'Agence en justice et dans tous les actes de la vie civile. Il assure la direction administrative, technique et financière de l'Agence. Il en est l'ordonnateur. Il conclut, au nom de l'Agence, toute convention et contrat. Il a autorité sur l'ensemble du personnel qu'il engage, nomme et licencie. Le directeur de l'Agence est assisté dans ses tâches par un directeur adjoint. Il peut déléguer sa signature à d'autres agents, à l'exclusion de l'agent comptable.