Le conseil d'administration de l'agence comprend vingt-trois membres nommés par arrêté du ministre de l'économie et des finances et du ministre chargé du tourisme :
1° Sept représentants des bénéficiaires de chèques-vacances, désignés respectivement sur proposition des organisations syndicales suivantes :
- la Confédération générale du travail ;
- la Confédération française démocratique du travail ;
- la Confédération générale du travail-Force ouvrière ;
- l'Union nationale des syndicats autonomes UNSA-Education ;
- la Confédération française des travailleurs chrétiens ;
- la Confédération française de l'encadrement ;
- la Fédération syndicale unitaire.
2° Trois représentants des employeurs, nommés sur proposition respectivement du Mouvement des entreprises de France, de la Confédération générale des petites et moyennes entreprises et de l'Union professionnelle artisanale.
3° Six personnalités qualifiées, compétentes dans le domaine du tourisme et des loisirs et dans le domaine social, nommées sur proposition du ministre chargé du tourisme.
4° Quatre représentants de l'Etat, nommés respectivement sur proposition :
- du ministre chargé du tourisme ;
- du ministre chargé du budget ;
- du ministre chargé des affaires sociales ;
- du ministre chargé de la fonction publique.
5° Un représentant des collectivités territoriales, nommé sur proposition de l'Association des maires de France.
6° Deux représentants des personnels, élus par les salariés de l'agence.
Les membres du conseil d'administration déclarent au ministre chargé du tourisme les fonctions qu'ils occupent, les mandats et les intérêts qu'ils détiennent dans les associations, organismes et sociétés qui bénéficient ou ont vocation à bénéficier des aides accordées par l'agence.