Un secrétaire général désigné par arrêté conjoint des ministres chargés de l'éducation nationale, de l'enseignement supérieur et de la jeunesse et des sports assure le secrétariat de l'Observatoire national des métiers de l'animation et du sport qui est placé auprès du directeur en charge l'emploi et de la formation au ministère chargé des sports. Il s'appuie sur quatre chargés de mission, membres de l'Institut national du sport et de l'éducation physique, de l'Institut national de la jeunesse et de l'éducation populaire, du ministère chargé de l'éducation nationale et du ministère chargé de l'enseignement supérieur.