Les transports scolaires sont des services réguliers publics. Le département a la responsabilité de l'organisation et du fonctionnement de ces transports. Il consulte à leur sujet le conseil départemental de l'éducation nationale. L'autorité compétente de l'Etat consulte le département, dans des conditions fixées par voie réglementaire, avant toute décision susceptible d'entraîner une modification substantielle des besoins en matière de transports scolaires. Toutefois, à l'intérieur des périmètres de transports urbains existant au 1er septembre 1984, cette responsabilité est exercée par l'autorité compétente pour l'organisation des transports urbains. Le transfert des ressources équivalentes aux dépenses supportées par l'Etat au titre des bourses de fréquentation scolaire, au titre du financement des frais de premier établissement des services de transport réservés aux élèves, des frais de transport des élèves et étudiants gravement handicapés, des élèves des écoles maternelles en zone rurale et des élèves des zones de montagne, s'effectue dans les conditions prévues par le code général des collectivités territoriales. Les modalités des conventions passées avec les entreprises, et notamment leurs conditions de dénonciation, sont fixées par décret en Conseil d'Etat.
En cas de création d'un périmètre de transports urbains ou de modification d'un périmètre existant au 1er septembre 1984 incluant les transports scolaires, une convention est passée entre l'autorité compétente pour l'organisation des transports urbains et le département. Cette convention fixe les conditions de financement des services de transports scolaires dans le nouveau périmètre. Les procédures d'arbitrage par l'autorité administrative compétente de l'Etat, en cas de litige, sont déterminées par décret en Conseil d'Etat. En ce qui concerne les modalités financières du transfert, cet arbitrage prend en compte le montant des dépenses effectuées par le département au titre des compétences transférées à l'autorité compétente pour l'organisation des transports urbains au cours de l'année scolaire précédant le transfert, de sorte que soit assurée la compensation intégrale des moyens nécessaires à l'exercice de la compétence transférée.
S'ils n'ont pas décidé de les prendre en charge eux-mêmes, le département ou l'autorité compétente pour l'organisation des transports urbains peuvent confier par convention tout ou partie de l'organisation des transports scolaires à des communes, établissements publics de coopération intercommunale, syndicats mixtes, établissements d'enseignement, associations de parents d'élèves et associations familiales. L'autorité compétente pour l'organisation des transports urbains peut également confier, par convention, tout ou partie de l'organisation des transports scolaires au département.
La région et le département peuvent participer au financement des frais de transport individuel des élèves vers les établissements scolaires dont ils ont la charge. Une convention avec le département ou l'autorité compétente pour l'organisation des transports scolaires prévoit les conditions de participation de la région ou du département au financement de ces transports scolaires.