Le conseil de surveillance est composé de : 1° Cinq représentants de l'Etat ; 2° Quatre représentants des collectivités territoriales et de leurs groupements dont au moins un représentant de la région et un représentant du département ; 3° Trois représentants du personnel de l'établissement public, dont un représentant des cadres et assimilés ; 4° Cinq personnalités qualifiées nommées par l'autorité compétente de l'Etat, dont un représentant élu de chambre consulaire et un représentant du monde économique. Le conseil de surveillance élit son président. La voix du président est prépondérante en cas de partage égal des voix.

Le conseil de surveillance arrête les orientations stratégiques de l'établissement et exerce le contrôle permanent de sa gestion. Un décret en Conseil d'Etat précise les opérations dont la conclusion est soumise à l'autorisation préalable du conseil de surveillance.A tout moment, le conseil de surveillance opère les vérifications et les contrôles qu'il juge opportuns et peut se faire communiquer les documents qu'il estime nécessaires à l'accomplissement de sa mission. Une fois par trimestre au moins, le directoire présente un rapport au conseil de surveillance. Après la clôture de chaque exercice et dans un délai de six mois, le directoire lui présente, aux fins de vérification et de contrôle, les comptes annuels avant leur certification par au moins un commissaire aux comptes et, le cas échéant, les comptes consolidés accompagnés du rapport de gestion y afférent. Le président du conseil de surveillance invite le président du conseil de développement à présenter les propositions de celui-ci. Le conseil de surveillance délibère sur le projet stratégique du port mentionné à l'article L. 5312-13.