L'administration des ports maritimes de commerce, dont l'importance le justifie, est confiée à des établissements publics de l'Etat, dénommés ports autonomes, créés par décret en Conseil d'Etat. Dans le cadre de la politique générale établie par le Gouvernement, chacun de ces établissements publics a pour objet d'assurer la gestion d'un port ou d'un groupement de ports.

Le port autonome est chargé, à l'intérieur de sa circonscription, des travaux d'extension, d'amélioration, de renouvellement, ainsi que de l'exploitation et de l'entretien du port et de ses dépendances. Il assure la gestion du domaine immobilier qui lui est affecté. Il est chargé de la police du port et de ses dépendances prévue par les dispositions du titre III. Il peut être autorisé à créer et à aménager des zones industrielles portuaires ou à participer à une telle création ou à un tel aménagement. En matière de domanialité et de travaux publics, le port autonome a les mêmes droits et obligations que l'Etat.

La circonscription du port est, après enquête, déterminée par décret en Conseil d'Etat. La circonscription comprend les accès maritimes dans la limite fixée par le même décret. Elle peut englober des ports desservis par ces accès maritimes.

Dans le cas où le port autonome est substitué à un port non autonome, les chambres de commerce et d'industrie lui remettent gratuitement les terrains et outillages des concessions et services organisés, dont elles sont titulaires dans l'étendue de la circonscription, les terrains, bâtiments, mobiliers, matériels et approvisionnements nécessaires à la gestion de ses services ou concessions ou tous autres éléments d'actif détenus par les chambres de commerce et d'industrie au titre du compte des droits de port, des services organisés et des concessions. Les services mentionnés au premier alinéa sont ceux qui sont organisés ou subventionnés pour le sauvetage des navires ou cargaisons, pour la sécurité ou la propreté ou la police et la surveillance des quais et dépendances du port, pour l'exploitation du port et des rades, l'organisation du travail et des œuvres sociales dans le port. Les dispositions que nécessite la substitution du nouveau régime au régime précédemment en vigueur, notamment en ce qui concerne la remise gratuite au nouvel établissement public, des biens de l'Etat ou du port autonome existant, sont réglées par décret en Conseil d'Etat. Les remises de biens à l'établissement public ne donnent lieu à aucune imposition. Sous réserve des dispositions des articles L. 5313-11 à L. 5313-13, les remises de biens et le transfert des activités substituent de plein droit le port autonome à l'Etat, aux chambres de commerce et d'industrie, à l'ancien port autonome, dans tous les avantages de même que dans toutes les charges et obligations attachés aux biens remis et aux activités transférées, en particulier dans le service des emprunts du port autonome ou de ceux contractés par les chambres de commerce et d'industrie pour le financement de leurs concessions et de leurs participations aux travaux maritimes. Les terrains, surfaces d'eau, ouvrages et outillages ayant, à la date de la remise, le caractère de domanialité publique, le conservent.

La fusion de deux ou plusieurs ports autonomes peut être décidée, après enquête effectuée dans ces ports dans les conditions prévues par l'article L. 5313-3. Le décret prévu par l'article L. 5313-3L. 5313-3 est pris en conseil des ministres lorsque le projet de fusion n'a pas recueilli l'accord des deux tiers au moins des membres du conseil d'administration de chaque port autonome. Les règles de fonctionnement et d'administration du nouvel établissement sont fixées par le décret établissant la fusion de ces ports.

La dissolution du port autonome peut être prononcée par un décret en Conseil d'Etat, qui fixe les règles de dévolution des biens de l'établissement public supprimé et détermine les mesures rendues nécessaires par la dissolution.