L'employeur organise le rapatriement du marin dans les cas suivants : 1° Quand le contrat à durée déterminée ou au voyage prend fin dans un port non métropolitain ; 2° A la fin de la période de préavis prévue par l'article L. 5542-4 ; 3° En cas de licenciement ou de débarquement pour motif disciplinaire ; 4° En cas de maladie, d'accident ou pour toute autre raison d'ordre médical nécessitant son débarquement ; 5° En cas de naufrage ; 6° Quand l'armateur n'est plus en mesure de remplir ses obligations légales ou contractuelles d'employeur pour cause d'ouverture d'une procédure collective, changement d'immatriculation, vente du navire ou toute autre raison analogue ; 7° En cas de suspension ou de cessation de l'emploi ; 8° A l'issue d'une période d'embarquement maximale de six mois, qui peut être portée à neuf mois par accord collectif. Cette période peut être prolongée ou réduite d'un mois au plus pour des motifs liés à l'exploitation commerciale du navire ; 9° Quand le navire fait route vers une zone de conflit armé où le marin n'accepte pas de se rendre.

L'employeur est déchargé de l'obligation mentionnée à l'article L. 5542-29 si le marin n'a pas demandé son rapatriement dans un délai de trente jours suivant son débarquement.

Le rapatriement comprend : 1° Le transport jusqu'à la destination qui peut être, au choix du marin : a) Le lieu d'engagement du marin ou son port d'embarquement ; b) Le lieu stipulé par convention ou accord collectif ; c) Le pays de résidence du marin ; d) Tout autre lieu convenu entre les parties ; 2° Le logement et la nourriture depuis le moment où le marin quitte le navire jusqu'à son arrivée à la destination choisie. Le rapatriement ne comprend pas la fourniture de vêtements. Toutefois, en cas de nécessité, le capitaine fait l'avance des frais de vêtements indispensables. Le passeport ou toute autre pièce d'identité confiée au capitaine par le marin lui est immédiatement restitué en vue du rapatriement.

Sous réserve des dispositions de l'article L. 5542-33, les frais de rapatriement sont intégralement à la charge de l'employeur.

La prise en charge des frais de rapatriement du marin débarqué en cours de voyage après rupture du contrat d'un commun accord est réglée par convention des parties. Les frais de rapatriement du marin débarqué pour faute grave ou à la suite d'une blessure ou d'une maladie contractée dans les conditions prévues à l'article L. 5542-28 sont à sa charge.L'employeur doit toutefois en faire l'avance. Les frais de rapatriement du marin débarqué à la demande de l'autorité judiciaire ou de l'autorité administrative sont à la charge de l'Etat.