Le droit à congés payés du marin pendant les périodes d'embarquement effectif est calculé à raison de trois jours calendaires par mois. Le temps passé dans l'attente du rapatriement et la durée du voyage ne peuvent pas être déduits des congés payés acquis par le marin. La prise de congés ne peut être remplacée par une indemnité compensatrice, sauf si la relation de travail est arrivée à son terme.

Pour les marins rémunérés à la part au sens de l'article L. 5544-35, une convention ou un accord de branche étendu peut décider d'imputer la charge qui résulte des congés payés sur les frais communs du navire.L'indemnité de congés payés de ces marins est calculée sur la base d'un montant forfaitaire identique pour l'ensemble des membres de l'équipage. Le contrat de travail en définit les modalités de calcul et de versement.

Les conditions d'application aux marins des dispositions des articles L. 3142-78 à L. 3142-98 et L. 3142-100 à L. 3142-107 du code du travail relatifs au congé sabbatique et au congé pour création d'entreprise sont fixées, compte tenu des adaptations nécessaires, par décret en Conseil d'Etat.