L'organisation du travail à bord prévoit que le marin bénéficie d'un temps de pause d'une durée minimale de vingt minutes par tranche de six heures de travail effectif.

Dans celles des activités portuaires définies par voie réglementaire, dont la nature ne permet pas de fixer avec précision les périodes de travail et la répartition des heures de travail au sein de celles-ci, une convention ou un accord collectif détermine les modalités de l'organisation et de la répartition des heures de travail. La convention ou l'accord précise notamment les conditions dans lesquelles le marin peut refuser les dates et les horaires de travail qui lui sont proposés. A défaut de convention ou d'accord, ces modalités sont définies par décret en Conseil d'Etat.

Le capitaine peut exiger du marin les heures de travail nécessaires à la sécurité immédiate du navire, des personnes présentes à bord ou de la cargaison, ou en vue de porter secours à d'autres navires ou aux personnes en détresse en mer. Dans ces cas, le capitaine peut suspendre l'organisation habituelle des horaires de travail ou de repos et exiger d'un marin qu'il travaille pendant le temps nécessaire pour faire face à ces circonstances. Lorsque celles-ci ont cessé, le capitaine attribue au marin qui a accompli un tel travail, alors qu'il était en période de repos, un repos d'une durée équivalente. Les conditions dans lesquelles ce repos est pris tiennent compte des exigences de la sécurité et des nécessités de la navigation.

Le capitaine détermine les conditions dans lesquelles le marin qui n'est pas de service peut descendre à terre.