La Société nationale des chemins de fer français est soumise en matière de gestion financière et comptable aux règles applicables aux entreprises industrielles et commerciales. Elle tient sa comptabilité conformément au plan comptable général. Elle développe une comptabilité permettant notamment d'apprécier les coûts économiques réels relatifs aux missions qui lui sont confiées respectivement par l'Etat et par les collectivités territoriales.

L'activité de transport de personnes de la Société nationale des chemins de fer français en Ile-de-France est identifiée dans les comptes d'exploitation, dans les conditions prévues par les conventions conclues avec le Syndicat des transports d'Ile-de-France.

La gestion des filiales créées par la Société nationale des chemins de fer français est autonome au plan financier dans le cadre des objectifs du groupe. Ces filiales ne peuvent recevoir les concours financiers de l'Etat prévus par l'article L. 2141-19.