Voies navigables de France est administré par un conseil d'administration, qui comprend : 1° Des représentants de l'Etat ; 2° Des personnalités qualifiées dans les domaines de la navigation intérieure, des transports, de l'énergie hydraulique, de la protection des milieux aquatiques et de l'aménagement du territoire ; 3° Des représentants du personnel de l'établissement.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé des transports, sur proposition du conseil d'administration, parmi ses membres. Il désigne, parmi les représentants de l'Etat au conseil d'administration, un suppléant qui préside la séance en cas d'empêchement.

Le directeur général de Voies navigables de France est nommé par décret, sur le rapport du ministre chargé des transports, après avis du conseil d'administration. Il met en œuvre la politique arrêtée par le conseil d'administration, assure l'exécution de ses délibérations et exerce les compétences que ce dernier lui délègue. Après accord du conseil d'administration, il peut confier aux agents et aux représentants locaux de l'établissement certaines de ses attributions propres et certaines des compétences que le conseil d'administrations lui a déléguées.

Les modalités d'application du présent chapitre sont fixées par décret en Conseil d'Etat. Celui-ci peut prévoir que certaines de ses dispositions peuvent être modifiées par voie réglementaire.