Voies navigables de France est administré par un conseil d'administration, qui comprend : 1° Des représentants de l'Etat ; 2° Des personnalités qualifiées dans les domaines de la navigation intérieure, des transports, de l'énergie hydraulique, de la protection des milieux aquatiques et de l'aménagement du territoire ; 3° Des représentants du personnel de l'établissement.

Le président du conseil d'administration est nommé par décret pris sur le rapport du ministre chargé des transports, sur proposition du conseil d'administration, parmi ses membres. Il désigne, parmi les représentants de l'Etat au conseil d'administration, un suppléant qui préside la séance en cas d'empêchement.