Le certificat de sécurité permettant l'accès à un port vaut également pour l'utilisation des voies ferrées portuaires de ce port. Les entreprises non titulaires d'un certificat de sécurité doivent, pour l'utilisation des voies ferrées portuaires, être agréées par le ministre chargé des transports dans des conditions fixées par décret en Conseil d'Etat, après avis conforme de l'Etablissement public de sécurité ferroviaire. Ce décret précise notamment dans quels cas cet agrément vaut certificat de sécurité pour les services empruntant le réseau ferré national entre des voies ferrées relevant d'une même autorité portuaire ou dans les points d'échange entre le réseau ferré national et les voies ferrées portuaires.