La gestion des ports non autonomes de commerce ou de pêche relevant de la compétence de l'Etat est assurée par le directeur du port, dont les fonctions sont exercées par le directeur départemental de l'équipement ou le directeur du service spécialisé du ministère chargé des ports maritimes dans le département où sont situées les principales installations de ces ports.

Le directeur du port établit, pour des périodes successives de trois années, le cas échéant en concertation avec d'autres ports de la même façade maritime, un plan de réception et de traitement des déchets d'exploitation des navires et des résidus de cargaison permettant de répondre aux besoins des navires utilisant le port.

Un arrêté conjoint du ministre chargé des ports maritimes et du ministre chargé de l'environnement définit le contenu et les modalités d'élaboration de ces plans, qui comportent notamment le recensement des besoins et des installations utilisables, les procédures de réception et le système de tarification.

Le plan de réception et de traitement des déchets d'exploitation des navires et des résidus de cargaison est approuvé, après avis du conseil portuaire, par le préfet du département où se situent les installations principales du port. En cas de modification significative des conditions d'exploitation du port ayant des répercussions sur les besoins en installations portuaires de réception des déchets d'exploitation et des résidus de cargaison, le plan est mis à jour et approuvé dans les mêmes conditions que le plan initial.

Le directeur du port est chargé d'établir, en ce qui concerne la gestion et toutes les affaires intéressant la bonne exploitation du port, la coordination nécessaire avec tous les services et organismes publics locaux dépendant du ministère chargé des ports maritimes ou d'autres départements ministériels, ou placés sous leur tutelle.

Les conditions dans lesquelles s'exerce cette coordination sont précisées par des arrêtés conjoints du ministre chargé des ports maritimes et de chacun des ministres intéressés.

Le directeur du port réunit en tant que de besoin, dans des conférences dont il leur communique à l'avance l'ordre du jour, selon le cas : des représentants des services publics, des chambres de commerce et d'industrie territoriales, des concessionnaires d'outillage public, des organisations professionnelles participant à l'exploitation du port, ou des usagers du port.

Le directeur du port est consulté par l'administration des affaires maritimes et, s'il y a lieu, par celle de la marine nationale, sur les instructions générales ou particulières qui concernent les services de pilotage et de remorquage exerçant leur activité dans le port, ses accès ou ses rades et qui sont susceptibles d'avoir une incidence sur l'économie portuaire (qualité et coût des services), ou sur la gestion du port (sécurité générale, police et accidents), même lorsque cette consultation n'a pas été prévue par un texte particulier.

Le directeur du port dresse chaque année un relevé de la situation financière du port présentant, dans la forme arrêtée conjointement par le ministre de l'économie et des finances, le ministre chargé des ports maritimes et le ministre chargé du commerce, les résultats de l'exercice précédent et les prévisions pour l'exercice suivant en ce qui concerne :

- d'une part, les dépenses de toute nature relatives à l'établissement, l'entretien et l'exploitation du port ;

- d'autre part, les recettes fournies par chacune des taxes et redevances frappant les navires, les marchandises et les outillages divers installés dans le port pour les besoins du trafic.