Les grands ports maritimes se conforment, en matière de gestion financière et comptable, aux règles en usage pour les établissements publics nationaux à caractère industriel et commercial dotés d'un agent comptable et sont soumis aux articles 190 à 225 du décret n° 62-1587 du 29 décembre 1962 modifié portant règlement général sur la comptabilité publique.

L'agent comptable est nommé par arrêté conjoint des ministres chargés des ports maritimes et du budget après avis du conseil de surveillance.

Des régies de recettes et d'avances peuvent être créées dans les conditions fixées par le décret n° 92-681 du 20 juillet 1992 modifié relatif aux régies de recettes et aux régies d'avances des organismes publics.

Avec l'accord du ministre chargé du budget, le président du directoire peut autoriser l'agent comptable à payer, sans son intervention préalable et dans la limite des crédits approuvés, certaines menues dépenses. Ces dépenses sont payées soit directement par l'agent comptable, soit, sous sa responsabilité, par certains agents du grand port maritime désignés après son accord par le président du directoire.L'agent comptable est tenu de justifier, chaque mois, des dépenses effectuées. Au vu des justifications produites, le président du directoire émet un titre de régularisation au nom de l'agent comptable.