En se conformant aux lois, règlements généraux ou spéciaux à certaines catégories d'agents ainsi qu'aux conventions en vigueur, il nomme à tous les emplois du port, gère, révoque et licencie le personnel, remet à la disposition de leur administration d'origine les fonctionnaires placés dans la position de service détaché et fixe la rémunération du personnel dans les limites arrêtées par le conseil d'administration, sous réserve de l'observation des règles de tutelle.

Il représente le port autonome de plein droit devant toutes les juridictions et pour tous les actes de la vie civile. Il a la faculté de conclure des transactions dans les conditions prévues par les articles 2044 et suivants du code civil et par le règlement intérieur du conseil d'administration. Les transactions sont subordonnées à l'accord préalable du commissaire du Gouvernement et du membre du corps du contrôle général économique et financier. Lorsque leur montant est supérieur à 100 000 euros, elles sont également subordonnées à l'accord préalable du conseil d'administration.

Il procède aux achats et passe les marchés ou traités.

Il assure la gestion financière du port autonome ; il est ordonnateur principal du port. Des ordonnateurs secondaires peuvent être institués, sur sa proposition, par décision conjointe du ministre chargé des ports maritimes et du ministre de l'économie et des finances ; il tient la comptabilité de l'engagement des dépenses ; il émet les ordres de recettes et de dépenses qu'il transmet à l'agent comptable.

Il détermine, dans les limites fixées par le conseil d'administration, l'emploi des fonds excédant les besoins de la trésorerie et le placement des réserves.