L'Institution nationale des invalides est soumise au contrôle administratif et financier de l'Etat. Son activité est contrôlée par l'inspection générale des affaires sociales, l'inspection générale des finances et le contrôle général des armées. Ses comptes sont soumis pour contrôle à la Cour des comptes.

Sur demande du ministre de tutelle ou du conseil d'administration, l'établissement est également soumis au contrôle des inspections du service de santé des armées pour toutes les questions relevant de la compétence de ces inspections.