Le conseil comprend, outre son président :
1° Huit présidents de commissions scientifiques prévues par le présent code et siégeant auprès de l'agence ;
2° Le président du conseil scientifique de l'Institut de veille sanitaire ou son représentant ;
3° Le président du conseil scientifique de l'Agence nationale de sécurité sanitaire de l'alimentation, de l'environnement et du travail, ou son représentant ;
4° Un chercheur de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale, spécialiste de la recherche clinique, désigné par son directeur général ;
5° Un chercheur désigné par le directeur général du Centre national de la recherche scientifique ;
6° Douze personnalités scientifiques reconnues pour leur compétence dans l'un des domaines d'activité de l'agence.
Le directeur général de la santé ou son représentant et le directeur de la recherche, des études, de l'évaluation et des statistiques au ministère chargé de la santé ou son représentant peuvent assister aux séances du conseil scientifique avec voix consultative.