Le médecin coordonnateur est désigné par une ordonnance du juge de l'application des peines. Cette désignation intervient dans la mesure du possible avant la libération d'un condamné détenu. Toutefois, lorsque la personne a été condamnée pour un crime mentionné à l'article 706-53-13 du code de procédure pénale, cette désignation doit intervenir avant la libération de l'intéressé ou avant la cessation de sa rétention de sûreté.
Ne peut être désigné comme médecin coordonnateur par le juge de l'application des peines un praticien qui :
1° Présente un lien familial, d'alliance ou d'intérêt professionnel avec la personne condamnée ;
2° Est son médecin traitant ;
3° A été désigné pour procéder, au cours de la procédure judiciaire, à son expertise.
Le médecin coordonnateur ne peut devenir le médecin traitant de la personne ou être désigné pour procéder, au cours du suivi socio-judiciaire, à son expertise.
Un arrêté du ministre chargé de la santé fixe le nombre de personnes que peut suivre simultanément un médecin coordonnateur.