La commission scientifique indépendante des pharmaciens se réunit au moins trois fois par an, sur convocation de son président. Le président fixe l'ordre du jour. Figurent également à l'ordre du jour les sujets dont l'inscription est demandée par le ministre chargé de la santé ou par au moins un tiers des membres de la commission.
La commission scientifique indépendante établit son règlement intérieur.