La commission émet un avis dans un délai de deux mois à compter de sa saisine. Cet avis prend en considération les missions du service public de la justice, le respect de la présomption d'innocence et les droits de la défense, le respect des engagements internationaux de la France ainsi que la nécessité de préserver les capacités de défense et la sécurité des personnels.

En cas de partage égal des voix, celle du président est prépondérante.

Le sens de l'avis peut être favorable, favorable à une déclassification partielle ou défavorable.

L'avis de la commission est transmis à l'autorité administrative ayant procédé à la classification.