Pour l'examen des échantillons, les laboratoires emploient les méthodes d'analyse ou d'essais définies à l'article 11 du règlement (CE) n° 882/2004 du Parlement européen et du Conseil du 29 avril 2004 relatif aux contrôles officiels effectués pour s'assurer de la conformité avec la législation sur les aliments pour animaux et les denrées alimentaires et avec les dispositions relatives à la santé animale et au bien-être des animaux. Le ministre chargé de l'économie peut fixer par arrêté les méthodes d'analyse ou d'essais et d'échantillonnage.

Les laboratoires peuvent se faire assister de tout spécialiste de leur choix.