Lorsque l'opération doit être réalisée sur le territoire de deux ou de plusieurs départements, l'enquête s'ouvre à la préfecture du département sur le territoire duquel la plus grande partie de l'opération doit être réalisée. Le préfet de ce département désigné éventuellement par le ou les ministres compétents d'après la nature des opérations, est chargé de centraliser les résultats de l'enquête.
Un arrêté concerté des préfets intéressés désigne le commissaire enquêteur ou les membres et le président de la commission d'enquête. Le même arrêté fixe les conditions de l'enquête publique, telles qu'elles sont prévues aux articles **R. 11-4 et **R. 11-7 à **R. 11-10.
Les dossiers et registres d'enquêtes déposés dans les lieux situé hors du département où l'enquête a été ouverte sont transmis au commissaire enquêteur ou au président de la commission d'enquête par l'intermédiaire du ou des préfets intéressés, lesquels formulent leur avis sur l'opération projetée.