Dans chaque réserve naturelle nationale est institué un comité consultatif. Lorsque l'acte de classement n'en précise pas la composition, un arrêté du préfet du département ou, le cas échéant, du préfet coordonnateur la fixe, en respectant une représentation égale :
1° De représentants des administrations civiles et militaires et des établissements publics de l'Etat intéressés ;
2° D'élus locaux représentant les collectivités territoriales ou leurs groupements ;
3° De représentants des propriétaires et des usagers ;
4° De personnalités scientifiques qualifiées et de représentants d'associations agréées ayant pour principal objet la protection des espaces naturels.
Les membres du comité consultatif sont nommés pour trois ans. Leur mandat peut être renouvelé. Les membres décédés ou démissionnaires et ceux qui, en cours de mandat, cessent d'exercer les fonctions en raison desquelles ils ont été désignés sont remplacés. Dans ce cas, le mandat des nouveaux membres expire à la date à laquelle aurait normalement pris fin celui des membres qu'ils remplacent.
Le comité est présidé par le préfet ou son représentant. Le préfet maritime ou son représentant en assure la vice-présidence lorsque la réserve naturelle s'étend sur les eaux territoriales ou sur le domaine public maritime. Il se réunit au moins une fois par an sur convocation de son président.
Le comité consultatif donne son avis sur le fonctionnement de la réserve, sur sa gestion et sur les conditions d'application des mesures prévues par la décision de classement. Il est consulté sur le projet de plan de gestion. Il peut demander au gestionnaire de la réserve naturelle la réalisation d'études scientifiques et recueillir tout avis en vue d'assurer la conservation, la protection et l'amélioration du milieu naturel de la réserve.
Il peut déléguer l'examen d'une question particulière à une formation restreinte.
Afin d'assister le gestionnaire de la réserve naturelle et le comité consultatif prévu à l'article R. 332-15, le préfet désigne un conseil scientifique qui peut être, soit propre à la réserve, soit commun avec celui d'une réserve naturelle comparable ou d'un parc national. Le conseil scientifique régional du patrimoine naturel peut tenir lieu de conseil scientifique de la réserve.
Le conseil scientifique est consulté sur le plan de gestion mentionné à l'article R. 332-21 et peut être sollicité sur toute question à caractère scientifique touchant la réserve.
Le préfet ou, le cas échéant, le préfet coordonnateur désigne parmi les personnes mentionnées à l'article L. 332-8, après avis du comité consultatif, un gestionnaire de la réserve naturelle avec lequel il passe une convention.
Le gestionnaire de la réserve naturelle assure la conservation et, le cas échéant, la restauration du patrimoine naturel de la réserve. Il veille au respect des dispositions de la décision de classement en faisant appel à des agents commissionnés à cet effet par l'autorité administrative.
Il établit un rapport annuel d'activité qui rend notamment compte de l'application du plan de gestion et de l'utilisation des crédits qu'il reçoit, ainsi qu'un bilan financier de l'année écoulée et un projet de budget pour l'année suivante. Ces documents sont soumis à l'avis du comité consultatif.
Dans les trois ans qui suivent sa désignation, le gestionnaire élabore un projet de plan de gestion de la réserve naturelle qui s'appuie sur une évaluation scientifique du patrimoine naturel de la réserve et de son évolution et décrit les objectifs que le gestionnaire s'assigne en vue de la protection des espaces naturels de la réserve. Il recueille l'avis du comité consultatif et du conseil scientifique de la réserve et joint ces avis au dossier transmis au préfet.
Le plan de gestion est arrêté pour une durée de cinq ans par le préfet, qui consulte le conseil scientifique régional du patrimoine naturel et les administrations civiles et militaires affectataires de terrains compris dans la réserve, ainsi que l'Office national des forêts lorsque la réserve inclut des forêts relevant du régime forestier. Le premier plan de gestion d'une réserve naturelle nouvellement créée est, en outre, soumis pour avis au Conseil national de la protection de la nature et pour accord à l'autorité militaire territorialement compétente, lorsque la réserve comprend des terrains militaires. Il est transmis pour information au ministre chargé de la protection de la nature.
A l'issue de la première période de cinq ans, la mise en oeuvre du plan fait l'objet d'une évaluation et le plan est renouvelé et, le cas échéant, modifié par décision préfectorale. Le nouveau plan est transmis pour information au ministre chargé de la protection de la nature. Si des modifications d'objectifs le justifient, le préfet consulte le Conseil national de la protection de la nature et, le cas échéant, recueille l'accord de l'autorité militaire territorialement compétente.